Pada tanggal 7 September 1986 Yayasan Budi Luhur Jakarta mendirikan STM Berbudi di Yogyakarta, yang tepatnya di jalan Imoiri 210 Giwangan Yogyakarta. Tujuannya untuk membekali para siswa dengan ilmu yang lebih luas dan tidak meninggalkan ketrampilan praktis.Pada tahun 1989 STM Berbudi beralih fungsi menjadi SMA Berbudi Yogyakarta. Setelah pertama kali meluluskan siswanya dengan kelulusan 100% pada tahun 1993, SMA Berbudi memperoleh status diakui, dan dalam perkembangannya pada tanggal 17 September 1999 SMA Berbudi memperoleh status disamakan.Sampai saat ini tetap eksis bersaing dengan SMA-SMA yang lain, bahkan pada tahun 2009 ini SMA Berbudi malakukan renovasi-renovasi gedung dan peralatan. Hal ini dilakukan supaya SMA Berbudi tidak ketinggalan dengan SMA-SMA yang lain
